Elle serait dotée d'un Secrétariat permanent à l'instar de l'OHADA qui serait chargé d'exécuter les orientations définies par la conférence. Il veillerait à l'application de la convention et coordonne la coopération judiciaire entre les états membres. Chargé de l'animation de la politique de l'Union en matière de prévention et de lutte contre la cybercriminalité au quotidien, il suggèrerait les améliorations indispensables pour parvenir à une efficacité optimale de la convention. Ce Secrétariat, serait également l'interlocuteur des autres organes chargés d'une mission similaire dans d'autres zones géographiques. Il serait assisté et conseillé dans sa tâche par un comité d'experts.